Istnieją dwie istotne różnice pomiędzy rozpoznaniem klinicznym i anatomopatalogicznym. Ocena patomorfologiczna — w przeciwieństwie do opierającego się również w wielu pojedynczych objawach i wynikach rozpoznania klinicznego — dotyczy tylko wycinka tkanki, z której materiał został pobrany, a nie całego organizmu. Poza tym zmiany w wycinku sprowadzają się do tych, które są obecne w momencie pobierania próbki, podczas gdy cechą charakterystyczną rozpoznania klinicznego jest obserwacja i ocena objawów oraz wyników badań w przeciągu pewnego czasu. Z elementu czasu wynikają istotne dla rozpoznania następstwa. Uchwycenie mnogości objawów i zmian klinicznych oraz ich weryfikacja pozwalają lekarzowi przy rozpoznawaniu niejasnego przypadku na skorzystanie, dzięki dysponowaniu czasem, z dodatkowych pomocy diagnostycznych. Duża liczba narządów dostępnych biopsji, mnogość zmian chorobowych i wskazań do badań histologicznych sprawiają, że jest rzeczą prawie niemożliwą udzielenie lekarzowi klinicyście zwięzłych wskazówek, jakie dane o pacjencie, przebiegu choroby, objawach, wynikach badań dodatkowych itp. mogą mieć znaczenie dla patologa, choć uwzględnienie ich w ostatecznej ocenie preparatu miałoby dla lekarza, a w efekcie i dla pacjenta, istotne znaczenie. Obawa niektórych klinicystów, że zbyt dokładne informacje mogłyby mieć niekorzystny wpływ na obiektywizm w ocenie preparatu jest bezzasadna, ponieważ zachowany zostaje rzeczowy dowód w postaci samego preparatu, a uwzględnienie danych klinicznych zachodzi dopiero na etapie interpretacji wyników.