Makroskopowe i mikroskopowe badania stanowią jedynie bazę wyjściową oceny końcowej. Dalszym krokiem jest powiązanie ze sobą mnogości widzianych szczegółów i ich interpretacja, przy czym w niektórych przypadkach potrzebne jest uzyskanie dodatkowych wiadomości o osobie pacjenta, czasie trwania zmiany, wyników badań laboratoryjnych. Tylko wyszkolony patolog jest w stanie dać wiążące orzeczenie. Pomagają mu w tym tysiące obrazów zmian chorobowych nagromadzone w ciągu lat szkolenia i praktycznej działalności; zakłada to jednak posiadanie szczególnie dobrej pamięci wzrokowej i jej ciągłe ćwiczenie. Wiedza o biologicznym znaczeniu strukturalnych zmian tkanek pochodzi z licznych retro i prospektywnych badań klinicznych i anatomopatologicznych. Tego typu materiały są podstawą badań naukowych w patologi klinicznej. W szczególnie trudnych przypadkach, tak jak w orzeczeniach biegłych sądowych, opinie różnych patologów, dotyczące tego samego preparatu, mogą być zasadniczo różne. Jeżeli mimo wszystko w świadomości lekarzy badania anatomopatologiczne uchodzą za obiektywne, wynika to z faktu, że pogłębiająca się w ciągu dziesięcioleci, zdobyta empirycznie wiedza sprawia, iż wydawane orzeczenia mają charakter autorytatywny. Jest tu wyraźna analogia z klinicystą o dużym doświadczeniu który — podobnie — wychodząc od ogromnej liczby objawów i wyników badań laboratoryjnych, poprzez interpretację poszczególnych danych i zachodzących między nimi związków, dochodzi do ostatecznego, klinicznego rozpoznania.