Diagnostyka różnicowa, czy też rozpoznanie różnicowe, jest postępowaniem diagnostycznym mającym na celu określanie jednostkowego stanu zdrowia lub całej populacji oraz czynników wpływających na ten stan. Z diagnostyką różnicową ściśle związana jest medycyna oparta na faktach. Za protoplastę medycyny opartej na faktach uważa się Ignaza Semmelweisa, wiedeńskiego lekarza, który w 1840 roku na podstawie badań statystycznych poprowadził korelacyjne wnioskowanie na temat umieralności kobiet na wydziale położniczym względem wcześniejszych prac lekarzy w prosektorium, na podstawie czego wysnuł wniosek, że poporodowe zakażenia muszą być powodowane przez pewien czynnik zakaźny przenoszony przez lekarzy. Dzięki temu Ignaz Semmelweis obniżył umieralność w połogu z 12% do 2% przez wprowadzenie obowiązkowej procedury dezynfekowania rąk przez lekarzy opuszczających prosektorium, a to nawet pomimo tego, że nie potrafił jeszcze precyzyjnie wyjaśnić mechanizmu zakażenia.

Przyjęło się uważać, że evidence-based medicine rozwinęła się w latach osiemdziesiątych na McMaster University w Kanadzie, jako odpowiedź na powszechnie obecną w medycynie dominację paradygmatu opartego na patofizjologii i biochemii.